Csao Cseng (szül: 259), apja halála után 13 évesen trónra került Kínában. Kr.e. 221-ben egyesítette az országot és Csin Si Huang Ti – nek neveztette magát. A pompakedvelő császár növényeit palotáról palotára vitette utazásai során. Hirtelen bekövetkezett halála után a Han-dinasztia került hatalomra. Uralkodásuk alatt terjedtek el a kínai hegyek sziklaformáival, mesterséges tavakkal, nyírott és formázott fákkal díszített kertek. Egy régi legenda szerint Csiang feng varázsló a kertekben kialakított tájak mágikus erejét azzal gazdagította, hogy a hegyekkel, fákkal, folyókkal, házakkal, emberekkel és állatokkal együtt olyan kicsivé varázsolta őket, hogy egy tálban is elfértek. Talán ez lehetett a penjing művészet kezdete.

A Ming-dinasztia (1368-1644) utolsó éveiből fennmaradt egy ősrégi boróka, mely ma is látható a jangcsoui Tien Ning buddhista templomban. 65 cm magas, feltartott fejű, szakállas sárkányt formáz, melynek fején a lomb mintegy felhő, lebeg. Kérgének kb. harmada élte túl a mintegy 370 évet.

A Mandzsu uralom (1644) elől Csu Szun Szuj tudós Japánba menekítette a miniatűr kertépítészetről szóló szakirodalmat, ezzel lendületet adott Japánban való elterjedésének. A miniatűr fa- és tájalkotás mesterei (penjingmester) titkolták és óvták módszereiket, melyek apáról fiúra szálltak. 1949 után a penjing a népművészet részévé vált. Japánban közel egy évezredes fejlődés eredményeként alakultak ki a bonsai stílusok.


Az első bonsai-kiállítás 1090-ben Kyotó-ban volt. Az erről készült képtekercset a Kaszuga-szentélyben lévő évkönyvvel együtt találták meg. Az évkönyv tartalmazza a bonsaikultúrára vonatkozó első szabályokat, stílusok leírását, és a növekedésre vonatkozó ismereteket. 1331-ben Yoshida Kenko kifejlesztette új bonsaistílusát, mely sokkal természet közelibb. Ezekben az években helyeztek először fehér köveket és homokot a földfelületre.


Japán az Egyesült Államok megalakulásának 200. évfordulója alkalmából az egyesült 53 államot szimbolizálva 53 db öreg bonsait ajándékozott az USA-nak, melyek a washingtoni Nemzeti Arborétumban láthatók.


A portugálok 1542-ben jelentek meg Japánban, általuk került az első bonsai ajándékként vagy utazási emlékként Európába. Az első újkori bonsaikiállítás 1914-ben volt Tokióban, Európában pedig 1878-ban a Párizsi Világkiállításon kerültek bonsaiok bemutatásra. Az 1909-es Londoni Világkiállításra hozott növényeket a látogatók megcsodálták, majd megvásárolták, és mivel nem értették a nevelés lényegét, nagy edénybe vagy a szabadba ültették őket. A kis fák gyors növekedésnek indultak és elvesztették eredeti jellegüket. Európán a második világháború utáni fellendüléssel együtt terjedt el a bonsaikultúra.


Magyarországra az 1980-as években Nyugat-Európából jutott be a távolkeleti növénykultúra. Az első itthoni bonsai klub 1983-ban alakult. Elnöke Dr. Czanik Sándor kertészmérnök lett, aki Japán útjai során ismerkedett meg a művészettel. A tudnivalókat tőle, valamint német és angol könyvekből szerezték. Az első klubból vált ki 1984-ben egy csoport és megalakult az Egyetemi Bonsai Club, majd 2000-ben újabb csoport vált ki, és létrejött a Herman Ottó Bonsai Egyesület és az Óbudai Bonsai egyesület. Az első kiállítás 1983 őszén, a Ménesi úti Kertészházban került megrendezésre.


Az ázsiai hagyományok szerint a bonsai kicsi, idős, emberi kéz által alakított fa, mely a neki helyet adó edénnyel szerves egységet alkot. Maga a kifejezés két japán szóból áll: a „bon” lapos edényt vagy tálcát, a „sai” növényt jelent. Ám az összetett szó, sokkal többet jelent, magába foglalja a természetes hatás és a művészi kifejezés stílusos egységét is. Fejleszti a finom kézi munkát és a kreatív képességeket. A fácska állandóan változik és nő, ezáltal rendszeres elfoglaltságot igényel, és soha nem tekinthető teljesen befejezettnek.